Nacionalinės visuomenės sveikatos priežiūros laboratorijos Sekoskaitinių tyrimų duomenų bazė (valdytojas Nacionalinės visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija)

Nacionalinės visuomenės sveikatos priežiūros laboratorijos Sekoskaitinių tyrimų duomenų bazės duomenų struktūra
Lentelės pavadinimasLentelės aprašymasStulpelio pavadinimasStulpelio aprašymas
ag_pgr_seqSARS-CoV-2 mėginių, skirtų sekoskaitai, rezultatai: antigenų testų, PGR testų, sekoskaitos sekų.Atmainos_grNustatyta atmainos grupė
ag_pgr_seqcomments_feedbackPapildoma informacija apie sekoskaitos rezultatą
ag_pgr_seqPastaba_rezultatasPastabos apie rezultatą
ag_pgr_seqpartiallyAliased
ag_pgr_seqqcoverallStatus
ag_pgr_seqsender_name
ag_pgr_seqlineageNustatyta genetinė linija
ag_pgr_seqclade_whoNustatytas genetinio klado tipas pagal Pasaulinę sveikatos organizaciją
ag_pgr_seqselection_dateSekoskaitos mėginio atrinkimo data
ag_pgr_seqlineage_adjusted
ag_pgr_seqpcr_lab_namePGR tyrimą atlikusios laboratorijos pavadinimas
ag_pgr_seqdeletionsPožymis, nurodantis, ar genetinėje sekoje aptikta nukleotidų iškrita
ag_pgr_seqfasta_file_idFasta failo identifikacinis numeris
ag_pgr_seqseq_done_dateMėginio sekvenavimo atlikimo data
ag_pgr_seqbatch_weekPGR mėginių atlikimo savaitė
ag_pgr_seqclade_nextstrain
ag_pgr_seqPGR_tbl_weekMetų savaitė, kada surinkti mėginiai
ag_pgr_seqsubstitutionsPožymis, nurodantis, ar genetinėje sekoje aptikta nukleotidų substitucija
ag_pgr_seqtaxonNustatytas genetinis taksonas
ag_pgr_seqcladeNustatytas genetinio klado tipas
ag_pgr_seqprojektas
ag_pgr_seqlab_nameLaboratorijos, atlikusios PGR testą, pavadinimas
ag_pgr_seqMB_codePGR mėgintuvėlio kodas
ag_pgr_seqseq_lab_nameLaboratorijos, atlikusios sekoskaitą, pavadinimas
ag_pgr_seqAG_rezultatas_formattedSARS-CoV-2 antigeno testo rezultatas
ag_pgr_seqe200ats_form_ide200 atsakymo formos ID (tyrimo atsakymo ID)
ag_pgr_seqselection_reasonPasirinkto mėginio priežastis atlikti sekoskaitai
ag_pgr_seqfile_nameFasta failo pavadinimas
ag_pgr_seqpatient_sexTiriamojo lytis
ag_pgr_seqpatient_municipalitySavivaldybė, kurioje gyvena tiriamasis
ag_pgr_seqsample_taken_dateMėginio paėmimo data
ag_pgr_seqPGR_rezultatasPGR tyrimo rezultatas
ag_pgr_seqmobile_postMobilusis punktas, kuriame buvo paimtas mėginys ir padarytas PGR testas
ag_pgr_seqar_tinkami_sekoskaitaiPožymis, nurodantis, ar mėginys tinkamas sekoskaitai
ag_pgr_seqPastaba_ktPapildomos pastabos
ag_pgr_seqconflict
ag_pgr_seqNextclade_pango
ag_pgr_seqAG_batch_weekMėtų savaitė, kada surinkti antigenų mėginiai
ag_pgr_seqtube_code_duplicate
ag_pgr_seqPGR_rezultatas_formattedPGR tyrimo rezultatas
ag_pgr_seqMB_duplicate
ag_pgr_seqpatient_ageTiriamojo gimimo metai
ag_pgr_seqtube_codeMėgintuvėlio pavadinimas (priskirtas laboratorijos)
ag_pgr_seqAG_rezultatasSARS-CoV-2 antigeno testo rezultatas
ag_pgr_seqpatient_countyPaciento apskritis
ag_pgr_seqtest_result_dateSARS-CoV-2 antigeno testo rezultato data
ag_pgr_seqaaSubstitutionsPožymis, nurodantis, ar aminorūgščių sekoje aptikta substitucijų
ag_pgr_seqar_tinkami_seq_formatedAr PGR mėginys buvo tinkamas sekoskaitai
ag_pgr_seqambiguity_scoreAtliktos sekoskaitos kokybinis įvertis. Q įvertis
ag_pgr_seqmin_CtPGR ciklų skaičius, kurį atlikus buvo nustatytas SARS-CoV-2 virusas.
ag_pgr_seqmissing
ag_pgr_seqinsertionsPožymis, nurodantis, ar genetinėje sekoje aptikta nukleotidų insercijų
ag_pgr_seqaaDeletionsPožymis, nurodantis, ar amino rūgščių sekoje aptikta iškritų
seq_failaiSekoskaitos rezultatų failų aprašymaiSekos_pavadinimasSekos pavadinimas
seq_failaiFASTQ_failo_pavadinimasFastaQ failo pavadinimas
seq_failaiSekoskaitos_tipasAtliktos sekoskaitos tipas
seq_failaiFASTA_failo_pavadinimasFasta failo pavadinimas